Berdirinya lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LP2M), merupakan buah tangan dari rekomendasi pendirian IST Annuqayah dikeluarkan oleh kopertis VII Surabaya dengan surat nomor: 1928/K7/KL/2017 tanggal 4 September 2017. Kemudian dilanjutkan visitasi dari Kemenristekdikti pada tanggal 06 Juni 2018. IST Annuqayah yang berkedudukan di desa Guluk-guluk, kecamatan Guluk-guluk kabupaten Sumenep, Jawa Timur secara resmi berdiri pada hari Rabu, 6 Juni 2018 berdasarkan Surat Keputusan (SK) Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor: 479/KPT/I/2018 dengan 6 (enam) program studi, yaitu: Matematika, Biologi, Kimia, Teknologi Informasi, Teknologi Hasil Pertanian, dan Teknik Sipil. Surat Keputusan tersebut, diserahkan langsung oleh Prof. Dr. Mohammad Nasir, Phd., Ak (Menristekdikti RI) dalam acara Silaturrahim Ulama dan Peresmian IST Annuqayah di Aula As-Syarqawi PP.Annuqayah pada tanggal 12 Juni 2018.
Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM) Institut Sains dan Teknologi Annuqayah menjadi wadah baru bagi pengembangan penelitian dan pengabdian di kalangan dosen agar dapat berkontribusi bagi peningkatan mutu perguruan tinggi dalam menghadapi persaingan global. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM) Institut Sains dan Teknologi Annuqayah merupakan sebuah unit lembaga teknis yang berada di bawah Rektor dan bertugas dan bertangungjawab terhadap pelaksanaan program Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat.